Từ Cung Hoàng thái hậu tên thật là Hoàng Thị Cúc (黃氏菊), người ở làng Mỹ Lợi, Phú Lộc, Thừa Thiên-Huế[1]. Thân sinh của bà là ông Hoàng Trọng Tích (黃仲錫), từng đậu Tú tài làm Tri huyện Hòa Đa (Bình Định), mẹ của bà là bà La Thị Sơn (羅氏山).

Theo gia phả của họ Hoàng làng Mỹ Lợi, sinh thời ông Tích lấy bà La Thị Huân và có với bà hai người con, một trai một gái. Khi người con gái thứ 2 là Hoàng Thị Như chào đời, ông đón người chị gái của vợ là bà La Thị Sơn đến giúp lo toan việc nhà. Tuy nhiên, ông Tích dần có tình cảm với bà Sơn, dẫn đến bà Sơn có con và sinh ra một người con gái chính là bà Hoàng Thị Cúc. Sau khi sinh bà Cúc, bà La Thị Sơn cảm thấy ân hận với em gái, nên đã để lại con gái cho ông Hoàng Văn Tích và bà La Thị Huân nuôi, còn mình thì về quê rồi sau này đi lấy chồng khác.

Sinh ra trong một gia đình quan Tri huyện, nhưng từ nhỏ, Hoàng Thị Cúc đã sống cuộc sống hết sức vất vả, khó khăn. Ông bà Tri huyện mất sớm, khi Hoàng Thị Cúc còn nhỏ tuổi, phải sống nhờ gia đình người anh trai cả là Hoàng Trọng Khanh. Nhưng chẳng may người anh cả Hoàng Trọng Khanh lại là người ham mê cờ bạc, có bao nhiêu tiền đều ném vào hết các chiếu bạc. Do mê cờ bạc rồi sinh ra nợ nần, ông Khanh đã "bán" các em gái cho những nơi quyền quý. Bà Hoàng Thị Cúc được đưa vào làm cung nữ hầu hai bà Thánh Cung Nguyễn Hữu Thị Nhàn và Tiên Cung Dương Thị Thục – vợ góa của vua Đồng Khánh[2].

Từ đây, bà dần tiếp xúc với ông Phụng Hóa công Nguyễn Phúc Bửu Đảo (奉化公阮福寶嶹), con của bà Tiên cung. Trong một lần vào thỉnh an Mẫu hậu, Hoàng tử Bửu Bảo đã "tư thông" với Hoàng Thị Cúc và kết quả là vị cung nữ mang thai.